Ana sayfa 129. sayı Niceliksel Evrimsel Biyoloji Çalıştayı

Niceliksel Evrimsel Biyoloji Çalıştayı

214
PAYLAŞ

Murat Naroğlu

Genom verisini yorumlayıp modeller üzerinden evrimi ve mekanizmalarını anlamak amacındaki 43 bilim insanı, 14-21 Eylül 2014 tarihlerinde Şirince’deki Nesin Matematik Köyü’nde, Niceliksel Evrimsel Biyoloji Çalıştayı için bir araya geldi. 2015’in konusu “Matematiksel Evrim” olacak düzenlenecek. Şimdiden not edin derim.

Gündelik hayatta herhangi bir konuya dair elimizde pek az veri olması işimizi zorlaştırır. Ancak aynı şekilde, sahip olduğumuz veri miktarının fazlalığı da bir problemdir. İki durumu, çölde yol bulmaya ve dağda yol almaya benzetebiliriz. Bugünkü bilim ve teknolojinin gelişmişlik düzeyi, bizleri farklı disiplinlerde, örneğin biyoloji ve genetikte, büyük verinin yorumlanması sorunu ile karşı karşıya bırakıyor. Canlıların DNA dizilerinin ortaya çıkarılması ve bununla ilintili çığır açıcı gelişmeler, evrim çalışmalarını yakından ilgilendiriyor. Böylesi bir genel atmosferde, genom verisini yorumlayıp modeller üzerinden evrimi ve mekanizmalarını anlamak amacındaki 43 bilim insanı, 14-21 Eylül 2014 tarihlerinde Şirince’deki Nesin Matematik Köyü’nde, Niceliksel Evrimsel Biyoloji Çalıştayı için bir araya geldi.

Ana konuşmacılardan Nick Barton… Fotoğraf: Setenay Doğan.

Çalıştayın düzenleyicileri Avusturya Bilim ve Teknoloji Enstitüsü’nden (IST Austria, Klosterneuburg) Murat Tuğrul, Gregor Mendel Enstitüsü’nden (GMI, Viyana) Hannes Svardal ve ODTÜ’den Mehmet Somel iken, ana konuşmacılar, bilim dünyasının bu alanda tanınan isimlerinden Nick Barton (IST Austria), Thomas Lenormand (CEFE/CNRS, Montpellier), Nadia Singh (NCSU, Raleigh) ve Aida Andreas (MPI, Leipzig) idi. Ayrıca Melis Akman (UC, Davis), Tuğçe Bilgin Sonay (UZH, Zürih), Lilia Perfetio (Gulbenkian Enstitüsü, Oeiras), Emily Jane McTavish (Kansas Üniversitesi) ve Luca Feretti (Pierre et Marie Curie Üniversitesi, Paris) gibi genç biliminsanları, seminerler verip projeler yürüterek çalıştaya katkı sağladı. Bu isimler haricinde, dünyanın saygın üniversitelerinde evrimsel biyoloji dalında lisansüstü eğitimini sürdüren 29 katılımcı çalıştayda yer aldı. Çalıştaya, Avrupa Evrimsel Biyoloji Derneği (ESEB), ABD Ulusal Evrimsel Sentez Merkezi (NESCent) ve ABD Doğabilimcileri Derneği (ASN) finansal destek verdi. (1)

Çalıştayın öne çıkan konuları arasında popülasyon genetiği ve ilkeleri, seçilim, moleküler evrim ve farklı biyolojik problemler üzerindeki uygulamalar var. Bunun dışında genç biliminsanlarının seminerleri, pratiğe yönelik projeler, grup çalışmaları ve öğrenci sunumları programı zenginleştirmiş. 1 hafta süren bilimsel etkinliğin tatil günü, Efes  gezisi ve Dilek Yarımadası’ndaki Milli Park’ta yüzmeye ayrılmış. Çalıştayın pek alışık olmadığımız bir bölümü daha var: Koltuk Dersleri. Katılımcılar, Barton, Lenormand, Singh ve Andreas ile yapılan sohbetlerde dört önemli biliminsanını yakından tanıma fırsatı yakalamış, bilimsel kariyerleri ve bilim anlayışlarına dair bilgi edinebilmişler. Etkinliğin en ayırt edici özelliklerinden biri, evrimsel biyoloji alanında Türkiye’de düzenlenen ilk uluslararası çalıştay olması. 2013’te yine Nesin Matematik Köyü’nde, Türkiyeli katılımcılarla Matematiksel Evrim Çalıştayı düzenlenmişti.

Eylül ayında İzmir’de olmama rağmen Şirince’ye ziyarette bulunamadım, ancak düzenleyicilerden Hannes Svardal ile Viyana’da yüz yüze görüşme imkânım oldu. Ayrıca, çalıştaya katkı sunan Melis Akman ve Tuğçe Bilgin Sonay ile internet üzerinden iki kısa söyleşi yaptık.

Koltuk Dersleri’nden bir kare… Fotoğraf: Hannes Svardal.

Svardal Viyana’da, Gregor Mendel Enstitüsü’nde çalışıyor. Fizikçi olarak başladığı bilim yolculuğuna biyoloji ile devam etmiş. Evrimin matematiksel modellerine ağırlık verdiği doktorasının ardından şimdi gerçek veriler üzerinde doktora sonrası araştırma yürütüyor. Çalıştaydaki konuşması mevcut projesiyle ilgili 9 farklı Afrika ülkesinden 160 maymunun genetik verisinin incelenmesini temel alıyor. Svardal, geniş bir coğrafyada yaşayan ve temelde tek türe ait olan bu maymunlar arasındaki farklılıkların nedenini bulmayı hedefliyor. Araştırması sırasında genom bilgisini istatistiksel metotlarla yorumlamaya çalışıyor. Sohbetimiz esnasında rakı içerek, helvadan bahsederek beni bir hayli şaşırtan Svardal geçen yılki çalıştaya da konuşmacı olarak katılmış. Bu sene grup çalışmalarından özellikle memnun olduğunu belirtiyor.

Kaliforniya Üniversitesi’nde doktora sonrası araştırmalarını sürdüren bir biyolog olan Akman’ın ekoloji ve genetik ilgisi ODTÜ’deki lisans yıllarına dek gidiyor. Akman şu an, Güney Afrika’ya özgü şeker çalısı (sugarbush) popülasyonları zor çevresel koşullara karşı uyum sağlarken hangi genlerin evrildiğini araştırıyor. Çalıştaydaki seminer konusu “popülasyon bazında yapılan yeni nesil gen dizileme çalışmalarında, gen anlatımındaki değişimlerin lokal adaptasyonlarla nasıl ilişkilendirilebileceği” üzerine olmuş. Akman, “[y]eni nesil dizileme tekniklerinden yararlanan çalışmalarda genelde gen dizisi çeşitliliği”nin incelendiğini, “gen anlatımı çeşitliliğini araştıran çalışmalar”ın daha kısıtlı olduğunu belirtiyor.

Tuğçe Bilgin Sonay, bu yazı hazırlanırken Zürih Üniversitesi’ndeki evrimsel biyoloji doktora savunmasını bekliyordu. “[B]akteriden insana kadar geniş bir yelpazede evrim, çeşitlilik ve mutasyonlara dayanıklılık mekanizmalarını” incelemiş, doktora sonrası araştırmalarına orangutan genomunun evrimiyle devam edecek. Çalıştaydaki seminer konusu, teziyle ilgili dört projeyi kapsıyor. “Bunların ilki yeniden tasarlanmış bakteri metabolizmasının büyüklük, üretim ve kaynak çeşitliliği gibi değişkenlerinin üretim hızına ve verimine etkisinin matematiksel modelleri üzerine”ymiş. İkincisi, “hücrenin DNA’dan protein üretimi sırasında mutasyonlara daha dayanıklı kodonların” kullanılması, son ikisi ise “DNA’daki tekrar dizilerinin gen anlatımı üzerine etkisi” ile ilgili.

Görüştüğüm isimler, çalıştayın her anlamda doyurucu ve başarılı olduğu kanısındalar. Svardal, bir haftalık bir etkinlik için programın gayet iyi olduğunu ifade ediyor. Akman, ana derslerde teorik evrim alanında edindiği bilginin araştırmalarına yön vereceğini, bunu fazlasıyla değerli bulduğunu belirtiyor. Bilgin ise popülasyon genetiği ve seçilim hakkında öğrendiklerinin projelerde pekiştirildiğini ekliyor. Biliminsanlarını bir araya getiren böylesi etkinlikler yeni ilişkiler kurulması ve işbirliğine gidilmesi açısından pek çok fırsat sunuyor. Her seviyedeki katılımcı kendisine bir şeyler katarak ayrılabiliyor.

Matematik Köyü için ayrı bir parantez açmak gerekli. Akman’ın da dile getirdiği gibi, “Matematik Köyü kuruluş amacı, işleyiş biçimi ve bulunduğu yer açısından çok farklı, çok özel bir yer.” Bilgin de Köy’ün “dört beş yaşındaki çocuklara verilen matematik kurslarından, lise öğrencilerinin üniversite hazırlık kamplarına, üniversite öğrencilerinin yaz okullarından, uluslararası akademik toplantılara kadar farklı seviyelerdeki çalışmalara ev sahipliği” yapmasına dikkat çekiyor. (2) Matematik Köyü’nü konuşmaya başladığımızda Svardal’ın ilk sözleri “benzersiz ve ütopik” oluyor. Her biliminsanının böylesi bir çalışma ortamı hayal ettiğini, Köy’ün kâr amacı gütmeden idealistçe yaşatıldığını dile getiriyor.

Efes gezisi… Fotoğraf: Hannes Svardal.

Çalıştay sonrası katılımcılarla bir anket yapılmış, kısaca bu sonuçlara değinmekte fayda var. 1 haftanın sonunda memnuniyet oranı hem bilimsel anlamda hem de diğer başlıklarda fazlasıyla yüksek görünüyor. Özellikle ana konuşmacıların verdiği temel dersler ve Koltuk Dersleri’nden, Köy’deki yiyecek ve konaklamadan çok memnun kalınmış. Programda yazılım örnekleri, genetik dışı yaklaşımlar, filogenetik metotlar gibi uygulamalı derslere daha fazla yer ayrılması, molalar ve projelerde zaman sıkıntısının aşılması gibi talepler olduğunu da not edelim.

İki yıldır az çok takip edebildiğim bu evrimsel biyoloji çalıştay serisi hem kendisini hem de etki alanındaki bilim ortamını geliştirmeye devam ediyor. 2015’te bu kez düzenleyicileri arasında Melis Akman’ın da olacağı Türkçe bir etkinlik (Matematiksel Evrim 2015) düzenlenecek. İlgililere duyurulur, takibi bırakmayın derim.

Notlar

1) Çalıştayın web adresi: http://qevolution2014.wordpress.com

2) http://www.bilim.org/sakli-cennet-nesin-matematik-koyu.html