Biliminsanları, insan vücudundaki patojenleri vücut sıvılarını analiz ederek belirleyebilmek için kullanılabilecek bir tekniğe odaklandı. Metagenomik dizileme olarak bilinen bu teknik, birkaç mikroorganizma türünün bulunduğu örneklerden kültürleme yapmadan, genetik materyalin elde edilmesi yoluyla dizileme yapılmasını kapsar. Araştırmacılar çalışmalarıyla, söz konusu tekniğin insan vücut sıvılarında patojen tespiti için kullanılabileceğini gösterdi.
Nature Medicine portalında yayınlanan araştırmada biliminsanları, birçoğu patojen kaynaklı hastalıklar nedeniyle hastaneye kaldırılan insanların vücut sıvılarından aldıkları örneklerle yaptıkları testleri anlattı.
Enfeksiyon hastalıklarında teşhisin temel olarak kullanılan yolu, kan veya doku örneklerinin toplanması ve inceleme için laboratuvara gönderilmesidir. Genellikle örnekler, iki analizden birinde kullanılır: Virüs, mantar veya bakteri varlığını görmek için kültürleme yapılması veya yabancı kitleleri görebilmek için genetik analizinin yapılmasını sağlayan PCR (polimeraz zincir reaksiyonu). Araştırmacılar kültürleme aşamasında belirli bir süreye ihtiyaç duyulduğunu ve PCR için enfeksiyonun doğasının belirlenmesi gerektiğini ifade ediyor. Yeni çalışmalarında biliminsanları, metagenomik dizileme kullanımının patojenlerin tanımlanma sürecini hızlandırabileceğini kaydediyor.
Metagenomik dizileme yoluyla analizde genetik materyal, idrar, irin, serebral (beyin ile ilgili) sıvılar gibi örneklerden elde edilir ve ardından dizileme işlemine geçilir. Yeni araştırmada, 158 hastadan örnekler alındı. Bu örneklerde patojenlerin var olup olmadığı, hali hazırda kullanımda olan metotlarla da belirlendi. Böylelikle önerilecek tekniğin işleyip işlemediği görülebilecekti.
Metagenomik yeni nesil dizileme (mNGS) adı verilen teknikle dizileme yapan araştırmacılar, doğruluk oranı yüksek olan sonuçlar elde etti. Ayrıca söz konusu analiz çok daha kısa sürede sonuç veriyordu. Biliminsanları testlerin birkaç saat içinde yapılabileceğini belirtiyor.
Kaynak: https://medicalxpress.com/news/2020-11-metagenomic-sequencing-quickly-pathogens-body.html
