{"id":23540,"date":"2015-01-01T12:33:22","date_gmt":"2015-01-01T10:33:22","guid":{"rendered":"https:\/\/bilimvegelecek.com.tr\/?p=23540"},"modified":"2018-04-18T12:35:37","modified_gmt":"2018-04-18T09:35:37","slug":"dnanin-3d-haritasi","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/bilimvegelecek.com.tr\/index.php\/2015\/01\/01\/dnanin-3d-haritasi","title":{"rendered":"DNA\u2019n\u0131n 3D haritas\u0131"},"content":{"rendered":"

Her genom m\u00fckemmel bir \u015fekilde paketlenmi\u015ftir. Her nas\u0131lsa 2 m uzunlu\u011fundaki DNA, bir insan h\u00fccresinin \u00e7ekirde\u011fine s\u0131\u011fabilir ve bu kar\u0131\u015f\u0131k yap\u0131, insan v\u00fccudundaki g\u00f6revini y\u00fcr\u00fctebilir. DNA d\u00f6ng\u00fclerinin kromozomlar\u0131n uzak par\u00e7alar\u0131n\u0131 bir araya getiren ve uyum i\u00e7erisinde hareket etmelerini sa\u011flayan karma\u015f\u0131k genomik yap\u0131s\u0131, detayl\u0131 bir \u015fekilde hen\u00fcz a\u00e7\u0131\u011fa \u00e7\u0131k\u0131yor. DNA\u2019n\u0131n \u00fc\u00e7-boyutlu haritalanmas\u0131n\u0131 i\u00e7eren bu \u00e7al\u0131\u015fma, hastal\u0131klar\u0131n genetik sebeplerini anlamaya ve genom fonksiyonlar\u0131n\u0131 a\u00e7\u0131klamaya yard\u0131mc\u0131 olabilir.<\/p>\n

Genler DNA \u00fczerinde kolyeye dizilmi\u015f boncuklar gibidir. Bir gen etkinle\u015fmek i\u00e7in, genin aktivitesini kontrol eden uygun d\u00fczenleyici DNA\u2019ya ba\u011flanmal\u0131d\u0131r. Ancak bu DNA kolye \u00fczerinde uzakta, hatta ba\u015fka bir kolyede olabilir. Bu y\u00fczden, y\u0131llard\u0131r ara\u015ft\u0131rmac\u0131lar DNA\u2019n\u0131n \u00e7ekirdek i\u00e7indeki katlanma \u015feklinin, bu ba\u011flant\u0131lar\u0131 do\u011fru yerde ve do\u011fru zamanda yapmas\u0131n\u0131 sa\u011flad\u0131\u011f\u0131ndan \u015f\u00fcpheleniyordu.<\/p>\n

Son zamanlarda, DNA\u2019y\u0131 katlanm\u0131\u015f halde yakalamak i\u00e7in birka\u00e7 biyokimyasal y\u00f6ntem ke\u015ffedildi. Kullan\u0131lan ilk teknik, DNA\u2019n\u0131n gen gibi tek bir par\u00e7as\u0131n\u0131n konumuna bakmay\u0131 sa\u011flad\u0131. 2009\u2019da ise ara\u015ft\u0131rmac\u0131lar, DNA\u2019daki b\u00fct\u00fcn ba\u011flant\u0131lara bir kerede bakabilmeyi sa\u011flayan \u201cHi-C\u201d ad\u0131nda bir metot geli\u015ftirdi. Ancak bu metot \u00e7ok detayl\u0131 de\u011fildi. Bir milyon baz \u00e7\u00f6z\u00fcn\u00fcrl\u00fc\u011f\u00fcne d\u00fc\u015febildiler ki, bu bir genden \u00e7ok daha b\u00fcy\u00fck bir \u00f6l\u00e7\u00fctt\u00fc. DNA\u2019n\u0131n iki ayr\u0131 par\u00e7as\u0131n\u0131 ay\u0131rt edilebildiler: Biri aktif DNA, di\u011feri ise genlerin aktif olmama e\u011filiminde olduklar\u0131 k\u0131s\u0131m. Ne yaz\u0131k ki bu metot yaln\u0131zca DNA\u2019y\u0131 \u00e7ekirdekten \u00e7\u0131kararak kullan\u0131labiliyordu ve kesin olmayan sonu\u00e7lar veriyordu.<\/p>\n

\u015eimdi, Hi-C metodunun \u00e7ekirde\u011fi bozmadan nas\u0131l kullan\u0131labilece\u011finin bulunmas\u0131yla ara\u015ft\u0131rmac\u0131lar, derinlere inip daha fazla ayr\u0131nt\u0131 \u00f6\u011frenmeye ba\u015flad\u0131. 1000 baz kadar k\u00fc\u00e7\u00fck (normal bir genden daha k\u00fc\u00e7\u00fck) \u00f6zellikler tespit edilebiliyor, hatta kanser h\u00fccresi ve temel dokular dahil 8 insan h\u00fccre dizisi ve bir kanserli fare h\u00fccre dizisi i\u00e7in 3 boyutlu DNA haritas\u0131 \u00e7\u0131kar\u0131labiliyor. \u00d6rne\u011fin lenf kanserli bir insan h\u00fccresinde, DNA par\u00e7alar\u0131 aras\u0131nda 4,9 milyar ba\u011flant\u0131 tespit edilmi\u015f, di\u011fer h\u00fccre tiplerinde ise ba\u011flant\u0131 say\u0131s\u0131 395 milyon-1,1 milyar aras\u0131nda de\u011fi\u015fmekte. DNA par\u00e7alar\u0131nda ne kadar fazla ba\u011flant\u0131 varsa, 3 boyutlu halde bu par\u00e7alar birbirine o kadar yak\u0131n oluyor.<\/p>\n

Ara\u015ft\u0131rmac\u0131lar geli\u015fmi\u015f bilgisayar programlar\u0131 ile \u00e7al\u0131\u015farak, ba\u011flant\u0131lara dayal\u0131 haritalar\u0131 \u00e7\u0131karabiliyor. DNA par\u00e7alar\u0131n\u0131n bir \u00e7iftinin ka\u00e7 tane ba\u011flant\u0131 yapt\u0131\u011f\u0131n\u0131 belirliyor ve bu bilgiden yola \u00e7\u0131karak her DNA par\u00e7as\u0131n\u0131n DNA\u2019n\u0131n geri kalan\u0131 ile ili\u015fkisini \u00e7iziyorlar.<\/p>\n

Yay\u0131mlanan rapora g\u00f6re, DNA\u2019daki bir k\u0131vr\u0131m, DNA\u2019n\u0131n iki ayr\u0131 par\u00e7as\u0131 birbirine yakla\u015ft\u0131\u011f\u0131nda olu\u015fuyor. Her h\u00fccre tipinde DNA\u2019n\u0131n de\u011fi\u015fik par\u00e7alar\u0131 yak\u0131nla\u015f\u0131r, sonu\u00e7 olarak farkl\u0131 k\u0131vr\u0131mlar ortaya \u00e7\u0131kar. Bu yap\u0131 farkl\u0131l\u0131klar\u0131 her h\u00fccrenin kendi tipini tan\u0131mlayan de\u011fi\u015fik gen aktivite modellerinin ortaya \u00e7\u0131kmas\u0131n\u0131 sa\u011flar. Di\u015fi don\u00f6rlerden gelen h\u00fccrelerin X kromozomlar\u0131nda devasa k\u0131vr\u0131mlar fark edildi. Muhtemelen bu k\u0131vr\u0131m, aktif X kromozomundaki genlerin d\u00fczg\u00fcn i\u015fleyi\u015fi i\u00e7in gerekli oldu\u011fu gibi, ikinci X kromozomunun susturulmas\u0131nda da etkili.<\/p>\n

Teksas \u00dcniversitesi\u2019nden biliminsanlar\u0131 bu yenili\u011fin biyolojiye yeni bir bak\u0131\u015f a\u00e7\u0131s\u0131 sundu\u011funu s\u00f6yl\u00fcyor. Bir bak\u0131ma bu haritalar\u0131n, h\u00fccresel bak\u0131\u015fla (mikroskopla inceleme) molek\u00fcler bak\u0131\u015f (dizileme) aras\u0131ndaki eksik olan ba\u011flant\u0131y\u0131 kurdu\u011funu belirtiyorlar.<\/p>\n

Bu konuda Google Earth gibi \u00e7al\u0131\u015fan bir web sitesi tasarland\u0131. Ara\u015ft\u0131rmac\u0131lar kendi favori genlerini buraya yerle\u015ftirebiliyor ve DNA b\u00f6lmelerinden k\u0131vr\u0131mlar\u0131na kadar detaya inebiliyorlar. Biliminsanlar\u0131 bu \u00e7al\u0131\u015fman\u0131n daha fazla analiz yapmak i\u00e7in sonsuz bir kaynak oldu\u011funu vurguluyor. Diyabetten \u015fizofreniye kadar insan genomuyla ilgili hastal\u0131klara yakalanma riskini artt\u0131ran genleri tespit etmek gibi \u00e7al\u0131\u015fmalar yap\u0131labilir.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Her genom m\u00fckemmel bir \u015fekilde paketlenmi\u015ftir. Her nas\u0131lsa 2 m uzunlu\u011fundaki DNA, bir insan h\u00fccresinin \u00e7ekirde\u011fine s\u0131\u011fabilir ve bu kar\u0131\u015f\u0131k yap\u0131, insan v\u00fccudundaki g\u00f6revini y\u00fcr\u00fctebilir. DNA d\u00f6ng\u00fclerinin kromozomlar\u0131n uzak par\u00e7alar\u0131n\u0131 bir araya getiren ve uyum i\u00e7erisinde hareket etmelerini sa\u011flayan karma\u015f\u0131k genomik yap\u0131s\u0131, detayl\u0131 bir \u015fekilde hen\u00fcz a\u00e7\u0131\u011fa \u00e7\u0131k\u0131yor. DNA\u2019n\u0131n \u00fc\u00e7-boyutlu haritalanmas\u0131n\u0131 i\u00e7eren bu \u00e7al\u0131\u015fma, hastal\u0131klar\u0131n […]<\/p>\n","protected":false},"author":787,"featured_media":23541,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[168,19,21,231],"tags":[197,272,292,773],"class_list":["post-23540","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-131-sayi","category-bilim-gundemi","category-biyoloji","category-molekuler-biyoloji-ve-genetik","tag-biyoloji","tag-dna","tag-genetik","tag-genom"],"acf":[],"aioseo_notices":[],"aioseo_head":"\n\t\t\n\t\n\t\n\t\n\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t