{"id":23964,"date":"2014-01-01T15:27:49","date_gmt":"2014-01-01T13:27:49","guid":{"rendered":"https:\/\/bilimvegelecek.com.tr\/?p=23964"},"modified":"2018-04-24T15:51:52","modified_gmt":"2018-04-24T12:51:52","slug":"bilgisayarda-protein-kivirma-savaslari","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/bilimvegelecek.com.tr\/index.php\/2014\/01\/01\/bilgisayarda-protein-kivirma-savaslari","title":{"rendered":"Bilgisayarda protein k\u0131v\u0131rma sava\u015flar\u0131"},"content":{"rendered":"

Princeton \u00dcniversitesi\u2019nde doktoraya ba\u015flad\u0131\u011f\u0131mda bana bir masa verdiler; yan\u0131mda pek konu\u015fmayan, efendi, yar\u0131m Avusturyal\u0131, yar\u0131m ABD\u2019li bir \u00e7ocuk oturuyordu. \u0130smi John Klepeis. Zamanla anlad\u0131k ki John sessiz sakin duruyor ama akl\u0131 s\u00fcrekli fikir \u00fcretiyor, inan\u0131lmaz yetenekli bir insan. Zaten \u00fcniversiteyi d\u00fcnyan\u0131n en iyilerinden<\/p>\n

Massachusets Teknoloji Enstit\u00fcs\u00fc (M.\u0130.T.)\u2019de okuyup gelmi\u015f doktoraya.<\/p>\n

Biz kitaplar aras\u0131nda bo\u011fulmu\u015f daha ara\u015ft\u0131racak konu d\u00fc\u015f\u00fcn\u00fcrken, o makale ard\u0131na makale yaz\u0131p Princeton \u00dcniversitesi\u2019nin en ba\u015far\u0131l\u0131 doktora \u00f6\u011frencilerine verdi\u011fi Ogden Jacobus bursunu da kolayca kap\u0131vermi\u015fti. Hal b\u00f6yle olunca doktoras\u0131n\u0131 bitirdi\u011finde hangi me\u015fhur \u00fcniversitenin profes\u00f6rl\u00fck teklifini kabul edece\u011fi hepimizin merak konusu olmu\u015ftu. Ama bizim s\u00fcperzeka John, en iyi \u00fcniversitelerin tekliflerini elinin tersiyle iterek o zaman ad\u0131n\u0131 daha \u00f6nce hi\u00e7 duymad\u0131\u011f\u0131m\u0131z \u00f6zel bir \u015firkete girdi. Sebebi: Anton<\/strong>.<\/p>\n

\"\"
Anton y\u00fcksek h\u0131zla molek\u00fcler sim\u00fclasyonlar ger\u00e7ekle\u015ftirecek.<\/figcaption><\/figure>\n

Anton, bir insan de\u011fil, bir s\u00fcperbilgisayar; isim babas\u0131 mikrobiyoloji alan\u0131n\u0131n \u00f6nc\u00fclerinden Anton van Leuwenhoek. Olduk\u00e7a riskli, \u00f6zel, biraz da gizemli bir giri\u015fimin \u00fcr\u00fcn\u00fc. Biyofizik alan\u0131nda Anton\u2019un nam\u0131 o kadar b\u00fcy\u00fck ki, onu \u00fcreten ve John\u2019u i\u015fe alan \u015firket D. E. Shaw\u2019a d\u00fcnyan\u0131n en iyi \u00fcniversitelerinden mezun doktoral\u0131 biliminsanlar\u0131ndan ba\u015fvuranlar\u0131n belki y\u00fczde biri kabul ediliyor. Sadece \u201cdahi\u201dleri al\u0131yorlar \u015firkete yani. Ben \u00fcrkt\u00fcm ve ba\u015fvurmad\u0131m, ka\u00e7t\u0131m. Maksat karizmay\u0131 bozmamak.<\/p>\n

Peki Anton ne yap\u0131yor? A\u00e7\u0131klamak i\u00e7in \u00f6nce \u00e7ok k\u0131sa temel bilim\u2026 D\u00fc\u015f\u00fcn\u00fcn ki ka\u011f\u0131ttan harfleri yan yana dizip kelimeler olu\u015fturdunuz. Kelimeler de e\u011filip b\u00fck\u00fclerek fiyonkvari \u015fekiller ald\u0131lar; al\u0131nan \u015fekiller harflerin dizilimine g\u00f6re de\u011fi\u015fik olacakt\u0131r. V\u00fccudumuzdaki proteinlerin \u00fc\u00e7 boyutlu \u015fekillerini al\u0131\u015flar\u0131 da b\u00f6yle. Amino asitler harfler gibi birle\u015fip proteinleri olu\u015fturuyorlar; proteinler de kelimeler gibi k\u0131vr\u0131l\u0131p \u00e7e\u015fitli \u015fekiller al\u0131yorlar. Bir protein ancak k\u0131vr\u0131ld\u0131ktan sonra i\u015flevsel oluyor, \u00e7\u00fcnk\u00fc i\u015flevini \u00fc\u00e7 boyutlu yap\u0131s\u0131 belirliyor.<\/p>\n

Anton\u2019un amac\u0131 da amino asitlerin diziliminden yola \u00e7\u0131karak ve sadece fizik teorilerini kullanarak bir proteinin k\u0131vr\u0131lma yolculu\u011funu, k\u0131vr\u0131lm\u0131\u015f bir proteinin bir ilaca ba\u011flanmas\u0131n\u0131 ya da iki proteinin birbirlerine hangi atomik g\u00fc\u00e7lerle ba\u011fland\u0131\u011f\u0131n\u0131 hesaplamak. Anton sayesinde protein, DNA, h\u00fccre zar\u0131 \u015fekilleri hen\u00fcz laboratuvarlarda m\u00fcmk\u00fcn olmayan ince detaylar\u0131na kadar tahmin edilecek; deney t\u00fcp\u00fcnde \u00f6m\u00fcr t\u00f6rp\u00fcs\u00fc ile de\u011fil bilgisayar ba\u015f\u0131nda\u2026<\/p>\n

Bir proteinin \u00fcretildikten sonra k\u0131vr\u0131lmas\u0131, 1 milisaniye civar\u0131nda olu\u015fuyor. Oysa g\u00fcn\u00fcm\u00fcz\u00fcn en y\u00fcksek teknolojisiyle ancak \u00e7ok \u00e7ok daha k\u00fc\u00e7\u00fck zaman dilimlerindeki k\u0131vr\u0131lmalar hesaplanabiliyor. Anton, milisaniyelik hesaplar\u0131 yapabilecek, \u00e7ok \u00f6zel bir bilgisayar.<\/p>\n

Anton\u2019u b\u00fct\u00fcnleyici ba\u015fka \u00e7al\u0131\u015fmalar da var. Cornell \u00dcniversitesi T\u0131p fak\u00fcltesi, 1,2 milyon dolarl\u0131k ma\u011fara<\/strong> (CAVE) ismini verdikleri bir oda kurdu. Biliminsanlar\u0131 bu karanl\u0131k odada 7-8 insan\u0131n rahat\u00e7a s\u0131\u011fabilece\u011fi bir karakutunun (ya da ma\u011faran\u0131n) i\u00e7erisinde bir proteinin devasa, \u00fc\u00e7 boyutlu sanal yap\u0131s\u0131na \u00e7e\u015fitli y\u00f6nlerden bak\u0131p, evirip \u00e7evirebilir, yak\u0131nla\u015ft\u0131r\u0131p uzakla\u015ft\u0131rabilir, ya da sanal yap\u0131n\u0131n i\u00e7inde dola\u015fabilir.<\/p>\n

Tamam, k\u0131vr\u0131mlar\u0131 hesaplad\u0131k ve g\u00f6rselledik de ne olacak? \u015eu anda biyoloji, kimya ve t\u0131p alanlar\u0131nda \u00e7\u00f6z\u00fclmeye \u00e7al\u0131\u015f\u0131lan en \u00f6nemli sorunlara, bu k\u0131vr\u0131m hesaplar\u0131 \u0131\u015f\u0131k tutabilir. Anton\u2019la hesaplanan bir proteinin yap\u0131s\u0131 ve zaman i\u00e7inde k\u0131vr\u0131l\u0131m\u0131 ger\u00e7e\u011fe \u00e7ok daha yak\u0131n olacak; bir de ma\u011farada bu \u00fc\u00e7 boyutlu proteinin i\u00e7ine girebildi\u011finizi d\u00fc\u015f\u00fcn\u00fcn\u2026 Proteinin yap\u0131s\u0131na g\u00f6re ila\u00e7 tasarlay\u0131p, tabiri yerindeyse elinizle koymu\u015f gibi proteinin hangi k\u0131vr\u0131m\u0131na, nas\u0131l \u015fekilde yerle\u015ftirebilece\u011finizi bulabilirsiniz. Yani ila\u00e7 tasarlayabilirsiniz! Yat\u0131r\u0131m kaynaklar\u0131 da buradan geliyor i\u015fte.<\/p>\n

Anton\u2019un yat\u0131r\u0131mc\u0131s\u0131 dolar milyarderi David Shaw. Columbia \u00dcniversitesi\u2019nde profes\u00f6rken doksanl\u0131 y\u0131llarda Wall Street\u2019e ge\u00e7ip bilgisar bazl\u0131 borsa stratejileri ile sahip oldu\u011fu m\u00fcthi\u015f servetinin bir k\u0131sm\u0131n\u0131 bu ara\u015ft\u0131rmalara yat\u0131rm\u0131\u015f. Ara\u015ft\u0131rmalar hen\u00fcz bir kuru\u015f bile kazanm\u0131\u015f de\u011fil. \u015eimdilik!<\/p>\n

Tabii b\u00fct\u00fcn bu anlatt\u0131klar\u0131m teorik. Bakal\u0131m Anton ya da \u2018ma\u011fara\u2019 bu milyonlarca dolarl\u0131k yat\u0131r\u0131mlara lay\u0131k bulu\u015flara imza atabilecekler mi? Anton gurubu Nobel alabilir mi? G\u00f6rece\u011fiz. \u00c7ok \u00f6nemli bir ila\u00e7 geli\u015ftirebilirlerse, neden olmas\u0131n? O zamana kadar John ve grubundaki dahiler h\u00e2l\u00e2 canla ba\u015fla \u00e7al\u0131\u015facak g\u00f6r\u00fcn\u00fcyor.<\/p>\n

\u2018Anton Tap\u0131na\u011f\u0131\u2019nda bir g\u00fcn<\/strong><\/p>\n

Hani, derler ya, \u201cEn k\u00f6t\u00fc g\u00fcn\u00fcm\u00fcz b\u00f6yle olsun!\u201d Bu g\u00fcn de \u00f6yle bir g\u00fcnd\u00fc i\u015fte. S\u00fcperbilgisayar \u201cAnton\u201dun a\u00e7\u0131l\u0131\u015f\u0131na gittik. Anton\u2019u yaratan David Shaw, ayn\u0131 zamanda D. E. Shaw yat\u0131r\u0131m \u015firketinin sahibi. D. E. Shaw bu korkun\u00e7 Wall Street ortam\u0131nda bile k\u00e2r edebilen \u00e7ok ba\u015far\u0131l\u0131 bir \u015firket. Yani Anton \u00fczerine \u00e7al\u0131\u015fan biliminsanlar\u0131n\u0131n hem maa\u015f\u0131 iyi, hem de durumu.<\/p>\n

\"\"
Anton, proteinlerin atom-seviyesinde sim\u00fclasyonlar\u0131n\u0131 t\u00fcm bilgisayarlardan \u00e7ok daha h\u0131zl\u0131 y\u00fcr\u00fctmek i\u00e7in \u00f6zel olarak tasarlanm\u0131\u015f bir s\u00fcperbilgisayar. Makine, algoritma, yaz\u0131l\u0131m programlar\u0131 ve biyofizik modelleri hen\u00fcz test halinde olsa da, zamanla \u00e7e\u015fitli biyolojik olaylar\u0131n \u015fekilsel de\u011fi\u015fimlerini daha \u00f6nce hem teorik hem deneysel olarak m\u00fcmk\u00fcn olmayan bir \u015fekilde g\u00f6zlemlemeye yarayacak.<\/figcaption><\/figure>\n

Manhattan\u2019\u0131n ortas\u0131nda Times Square\u2019de, her y\u0131lba\u015f\u0131 milyonlarca insan\u0131n (nedendir hi\u00e7 anlayamad\u0131\u011f\u0131m) saatlerce d\u00fc\u015fmesini bekledikleri elma<\/strong>\u2019ya bakan s\u00fcper l\u00fcks bir g\u00f6kdelenin 39. kat\u0131nday\u0131z. Tabii buras\u0131 New York olunca, g\u00f6zlerim g\u00f6klerde. Sa\u011fa sola \u00e7akt\u0131rmadan bak\u0131yorum, yakla\u015fmakta olan bir u\u00e7ak var m\u0131? \u201c\u00c7\u0131k\u0131\u015f\u201d i\u015fareti nerede? Bulundu\u011fumuz oda me\u015fhur bir tasar\u0131mc\u0131n\u0131n elinden \u00e7\u0131km\u0131\u015f, tamamen bembeyaz. Garsonlar \u0131stakoz, istiridye servisi yaparken \u015fampanyam\u0131 yeniliyorum. G\u00f6z\u00fcm \u00e7ikolata kapl\u0131 \u00e7ileklerde oysaki.<\/p>\n

New York\u2019un me\u015fhur biyofizik profes\u00f6rleri buradayd\u0131 bu ak\u015fam. Beraberlerinde a\u00e7 bak\u0131\u015fl\u0131 doktora \u00f6\u011frencileri. Duvardaki geni\u015f ekranda Anton\u2019un d\u00fcnyadaki t\u00fcm bilgisayarlardan daha \u00e7abuk, daha uzun ve daha ger\u00e7e\u011fe yak\u0131n sim\u00fcle edebildi\u011fi bir proteinin k\u0131vr\u0131lma filmi. Protein a\u00e7\u0131l\u0131yor, kapan\u0131yor, a\u00e7\u0131l\u0131p kapand\u0131k\u00e7a k\u0131vr\u0131l\u0131yor. K\u0131vr\u0131ld\u0131k\u00e7a etraf\u0131ndaki su i\u00e7erisinde nas\u0131l bir \u015fekle girece\u011fi belirginle\u015fiyor. Belirginle\u015ftik\u00e7e bu proteinin i\u015flevlerini geli\u015ftirebilecek ya da \u00f6nleyebilecek ila\u00e7 \u015feklini nas\u0131l tasar\u0131m edebiliriz sorusunun \u00e7\u00f6z\u00fcm\u00fcne daha \u00e7ok yakla\u015f\u0131yoruz. Yakla\u015f\u0131yoruz ama hen\u00fcz varm\u0131\u015f de\u011filiz.<\/p>\n

Asans\u00f6rle kokteylden 32. kata iniyoruz. Sanki bir k\u00f6\u015fede uyuyan varm\u0131\u015f gibi karanl\u0131k, sessiz, tasar\u0131m harikas\u0131 ba\u015fka bir oda; pencereden Times Square\u2019in \u00e7\u0131lg\u0131n \u0131\u015f\u0131klar\u0131 s\u0131zarken, cam bir kafesin i\u00e7erisinde, kendi mavi \u0131\u015f\u0131klar\u0131 ile parlayan Anton var! Eee, Anton, sonunda tan\u0131\u015ft\u0131k. Bug\u00fcn Anton\u2019un g\u00fcn\u00fc. A\u00e7\u0131l\u0131\u015f g\u00fcn\u00fc. D\u00fcnyan\u0131n en h\u0131zl\u0131 protein sim\u00fclasyonu bilgisayar\u0131. Kansere, Alzheimer\u2019e \u015fifa olabilecek ila\u00e7lara ula\u015ft\u0131racak belki de bizi.<\/p>\n

Anton\u2019un tap\u0131nakla\u015ft\u0131r\u0131lm\u0131\u015f<\/strong> odas\u0131ndan sonra biliminsanlar\u0131n\u0131n ofislerini geziyorum. Bu kadar yukar\u0131dan bak\u0131nca, Times Square\u2019i dola\u015fan turist seli kar\u0131ncalar\u0131 and\u0131r\u0131yor. Biliminsanlar\u0131 ile sohbete dal\u0131yoruz.<\/p>\n

\u00c7\u0131karken m\u0131knat\u0131sla \u00e7ekilir gibi, Anton tap\u0131na\u011f\u0131n\u0131n yan\u0131ndan tekrar ge\u00e7meye karar veriyoruz. Davetliler da\u011f\u0131lm\u0131\u015f, sadece bir aile kalm\u0131\u015f. Anne baba, iki \u00e7ocuklar\u0131n\u0131 tutmu\u015flar, cam kafesine dayanarak usulca onlara Anton\u2019u g\u00f6steriyorlar. \u201cNe sevimli\u201d diyorum i\u00e7imden; sonra bir ampul yan\u0131yor kafamda. \u00c7ocu\u011funu kucaklayan baba, bu \u015firketin, g\u00f6kdelenin ve Anton\u2019un sahibi David Shaw. New York Columbia \u00dcniversitesi\u2019nde bilgisayar m\u00fchendisli\u011fi profes\u00f6r\u00fc iken yat\u0131r\u0131mda k\u00e2r getirecek bir bilgisayar yaz\u0131l\u0131m\u0131 geli\u015ftiren, bu yaz\u0131l\u0131mla bu \u015firketi kuran, ama k\u00e2r\u0131n\u0131n okkal\u0131 bir kesimini kendi \u2018miras\u0131\u2019 olarak alg\u0131lad\u0131\u011f\u0131 Anton\u2019a adayan Shaw.<\/p>\n

H\u00e2l\u00e2 orada. Bu nas\u0131l bilim sevgisidir. Ne t\u00fcr bir merakt\u0131r.<\/p>\n

\u00c7\u0131k\u0131\u015fta foto\u011fraf \u00e7eken turistler, \u2018bira paras\u0131\u2019 isteyen dilenciler. G\u00f6kdelenler aras\u0131nda esen hafif bir r\u00fczgar. Bug\u00fcn bilim i\u00e7in g\u00fczel bir g\u00fcnd\u00fc. Bilime sayg\u0131n\u0131n oldu\u011fu, a\u00e7 doktora \u00f6\u011frencilerinin \u0131l\u0131k pizza de\u011fil \u0131stakoz ve \u015fampanya ile doydu\u011fu enteresan, ama umutlu bir g\u00fcn. Umutluyuz, insan\u0131n kalbindeki merak, h\u00e2l\u00e2 diri diye. David Shaw, Anton\u2019u \u015fan\u0131na yara\u015f\u0131r bir \u015fekilde a\u00e7m\u0131\u015f. Nitekim \u0131stakoz ve \u015fampanya, New York k\u00fclt\u00fcr\u00fcnde \u201ckurbanl\u0131k inek\u201d bab\u0131ndad\u0131r. 32. kattan y\u0131lba\u015f\u0131 \u2018elma\u2019s\u0131n\u0131 seyreden, sessiz, mavi \u0131\u015f\u0131kl\u0131 Anton, d\u00fcnyam\u0131za hay\u0131rl\u0131, u\u011furlu olsun!<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Princeton \u00dcniversitesi\u2019nde doktoraya ba\u015flad\u0131\u011f\u0131mda bana bir masa verdiler; yan\u0131mda pek konu\u015fmayan, efendi, yar\u0131m Avusturyal\u0131, yar\u0131m ABD\u2019li bir \u00e7ocuk oturuyordu. \u0130smi John Klepeis. Zamanla anlad\u0131k ki John sessiz sakin duruyor ama akl\u0131 s\u00fcrekli fikir \u00fcretiyor, inan\u0131lmaz yetenekli bir insan. Zaten \u00fcniversiteyi d\u00fcnyan\u0131n en iyilerinden Massachusets Teknoloji Enstit\u00fcs\u00fc (M.\u0130.T.)\u2019de okuyup gelmi\u015f doktoraya. Biz kitaplar aras\u0131nda bo\u011fulmu\u015f daha […]<\/p>\n","protected":false},"author":555,"featured_media":23965,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[156,744],"tags":[2957,255,272,1171],"class_list":["post-23964","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-119-sayi","category-bilumum-bilim","tag-anton-van-leuwenhoek","tag-bilgisayar","tag-dna","tag-protein"],"acf":[],"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bilimvegelecek.com.tr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/23964","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/bilimvegelecek.com.tr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/bilimvegelecek.com.tr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bilimvegelecek.com.tr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/users\/555"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bilimvegelecek.com.tr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=23964"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/bilimvegelecek.com.tr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/23964\/revisions"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bilimvegelecek.com.tr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/media\/23965"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bilimvegelecek.com.tr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=23964"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/bilimvegelecek.com.tr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=23964"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/bilimvegelecek.com.tr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=23964"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}