{"id":5350,"date":"2016-05-01T12:10:13","date_gmt":"2016-05-01T09:10:13","guid":{"rendered":"http:\/\/bilimvegelecek.com.tr\/?p=5350"},"modified":"2018-01-03T11:45:02","modified_gmt":"2018-01-03T08:45:02","slug":"tasarlanan-yapay-hucre-yasam-icin-temel-genleri-ortaya-cikariyor","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/bilimvegelecek.com.tr\/index.php\/2016\/05\/01\/tasarlanan-yapay-hucre-yasam-icin-temel-genleri-ortaya-cikariyor","title":{"rendered":"Tasarlanan yapay h\u00fccre, ya\u015fam i\u00e7in temel genleri ortaya \u00e7\u0131kar\u0131yor"},"content":{"rendered":"<p>Ya\u015fam\u0131 anlamaya hayal etti\u011fimizden daha yak\u0131n\u0131z. Gen eliminasyonu y\u00f6ntemini kullanarak genlerin yava\u015f yava\u015f azalt\u0131lmas\u0131 ile d\u00fcnyan\u0131n ilk minimal genomuna sahip en k\u00fc\u00e7\u00fck canl\u0131 yap\u0131s\u0131 elde edildi. Craig Venter ve ekibinin bu \u00e7al\u0131\u015fmas\u0131, temel genlerin hemen hemen \u00fc\u00e7te birlik k\u0131sm\u0131n\u0131 bilmedi\u011fimizi ileri s\u00fcr\u00fcyor.<\/p>\n<p>Minimal bir h\u00fccreden olu\u015fan bir yarat\u0131k (do\u011fada var olandan daha da basit bir yarat\u0131k), ya\u015fam\u0131n temel i\u015flevlerini \u00e7al\u0131\u015fmaya yard\u0131mc\u0131 olabilecek ve canl\u0131l\u0131\u011f\u0131 sa\u011flayan her bir genin i\u015flevini \u00e7\u00f6zmemizi sa\u011flayabilecek. Minimal genoma sahip bu yapay h\u00fccre, genlerin nas\u0131l yeniden nas\u0131l tasarlanabilece\u011fine dair bir g\u00f6r\u00fc elde etmemize ve t\u0131p, enerji, iklim de\u011fi\u015fikli\u011fi ile m\u00fccadele gibi \u00e7ok \u00e7e\u015fitli alanlardaki uygulamalar i\u00e7in s\u0131f\u0131rdan genom tasarlamam\u0131za izin verebilir.<\/p>\n<p>\u00c7al\u0131\u015fman\u0131n e\u015f y\u00fcr\u00fct\u00fcc\u00fcs\u00fc Clyde Hutchison, \u201cYapt\u0131\u011f\u0131m\u0131z \u015fey, ya\u015fayan bir canl\u0131n\u0131n nas\u0131l \u00e7al\u0131\u015ft\u0131\u011f\u0131n\u0131 tamamen anlamaya d\u00f6n\u00fck bir ad\u0131m a\u00e7\u0131s\u0131ndan \u00f6nemlidir. Ger\u00e7ekten h\u00fccrenin nas\u0131l \u00e7al\u0131\u015ft\u0131\u011f\u0131n\u0131 anlayabilirsek, sonras\u0131nda t\u0131bbi ve di\u011fer yararl\u0131 \u00fcr\u00fcnlerin \u00fcretimi i\u00e7in h\u00fccreleri verimli bir \u015fekilde tasarlayabilece\u011fiz\u201d a\u00e7\u0131klamas\u0131nda bulunuyor.<\/p>\n<p>473 genle yeni yarat\u0131lan minimal h\u00fccre JCVI-syn3.0, do\u011fan\u0131n kay\u0131t alt\u0131nda tuttu\u011fu ba\u011f\u0131ms\u0131zca canl\u0131l\u0131\u011f\u0131n\u0131 s\u00fcrd\u00fcrebilen organizmalar aras\u0131nda en k\u00fc\u00e7\u00fck genoma sahip olandan (525 gene sahip <em>Mycoplasma genitalium<\/em>), yakla\u015f\u0131k 50 gen daha az gen bulunduruyor. Minimal h\u00fccrelerin, besin i\u00e7eren bir laboratuvar taba\u011f\u0131nda k\u00fcme olu\u015fturarak ya\u015fayabildi\u011fi, b\u00fcy\u00fcyebildi\u011fi ve b\u00f6l\u00fcnebildi\u011fi g\u00f6sterilmi\u015f durumda.<\/p>\n<p>Ba\u015far\u0131, 2010\u2019da Venter\u2019in ekibi taraf\u0131ndan yap\u0131lan bir \u00e7al\u0131\u015fma \u00fczerine in\u015fa edildi ve bu \u00e7al\u0131\u015fma sonucunda JCVI-syn1.0 ilk kez olu\u015fturuldu. JCVI-syn1.0, dizisi bilinen bir genomun sentetik kopyas\u0131na dayal\u0131 ilk canl\u0131 bakteri. Bu genom, olu\u015fturulmadan ve h\u00fccre i\u00e7erisine aktar\u0131lmadan \u00f6nce bir bilgisayarda tasarland\u0131.<\/p>\n<p>Venter ve Hutchison, ya\u015fam\u0131n\u0131 s\u00fcrd\u00fcrecek \u015fekilde JCVI-syn1.0\u2019daki 901 geni, minimuma do\u011fru yava\u015f yava\u015f azaltarak, hangi durumda ya\u015fam\u0131 destekleyip desteklemedi\u011fini ara\u015ft\u0131rd\u0131. Bu ekip, \u00e7al\u0131\u015fmaya 2010\u2019da sentetik JCVI-syn1.0 modelini olu\u015fturarak ba\u015flad\u0131. <em>Yakla\u015f\u0131k 900 gene sahip bir do\u011fal bakteri olan Mycoplasma mycoides\u2019in kendi genomu \u00e7\u0131kar\u0131ld\u0131 ve bilgisayar yard\u0131m\u0131yla 901 genden olu\u015fan sentetik genomun bir kopyas\u0131 i\u00e7i bo\u015falt\u0131lm\u0131\u015f bakteri i\u00e7erisine aktar\u0131ld\u0131. <\/em><\/p>\n<p>Ekip, transpozonlar yard\u0131m\u0131yla, bakterinin hangi genler yoklu\u011funda ya\u015fayabildi\u011fini test etti. \u201cS\u0131\u00e7rayan genler\u201d olarak da adland\u0131r\u0131lan transpozonlar, DNA i\u00e7erisine kendilerini ekleyerek genleri tek tek bozabilmektedir.<\/p>\n<p>Ekip d\u00fc\u015f\u00fcnd\u00fckleri baz\u0131 genlerin temel olmad\u0131\u011f\u0131n\u0131n, ancak kritik \u00f6neme sahip olduklar\u0131n\u0131n fark\u0131na vard\u0131lar. Venter\u2019in ekibi bunun fark\u0131na vard\u0131klar\u0131nda, genomu yava\u015f yava\u015f daha do\u011fru bir \u015fekilde azaltt\u0131. Sonu\u00e7ta, yapay h\u00fccre ya\u015famaya ve b\u00fcy\u00fcmeye devam etti.<\/p>\n<p><strong>Biyolojinin kara maddesi<\/strong><\/p>\n<p>As\u0131l s\u00fcrpriz geli\u015fme, temel genlerin yakla\u015f\u0131k y\u00fczde 31\u2019lik k\u0131sm\u0131n\u0131n bilinmedi\u011finin ke\u015ffiydi.<\/p>\n<p>Hutchison, genlerin baz\u0131lar\u0131n\u0131n h\u00e2l\u00e2 bilinmeyen temel biyolojik i\u015flevlerinin ke\u015ffedilmesinin \u201cheyecan verici bir olas\u0131l\u0131k\u201d oldu\u011funu ifade ediyor.<\/p>\n<p>Edinburgh \u00dcniversitesi\u2019nden Alistair Elfick, \u201cBilinen bir i\u015flevi olmaks\u0131z\u0131n b\u00f6yle bir\u00e7ok genin bulunmas\u0131, tedirgin edicidir. Ancak, h\u00e2l\u00e2 \u00f6\u011frenmemiz gereken \u00e7ok \u015fey oldu\u011fu bilgisi heyecan vericidir. Bu bir \u00e7e\u015fit biyolojinin \u2018kara maddesi\u2019 gibi\u201d diye belirtiyor. Venter\u2019in ekibi, \u015fu an bu gizli genlerin i\u015flevlerini belirlemeyi istiyor.<\/p>\n<p>Stanford \u00dcniversitesi\u2019nden Drew Endy, \u201c\u00c7al\u0131\u015fma, ya\u015fam\u0131n fark edilmemi\u015f temeli hakk\u0131nda bir\u00e7ok \u015feyi a\u00e7\u0131kl\u0131yor. \u015eu an denemeli ve bilgimiz dahilinde bo\u015fluklar\u0131 kapatmal\u0131y\u0131z. Basit bir \u015fekilde, tek h\u00fccre (her atom ve her molek\u00fcl) anlay\u0131\u015f\u0131n\u0131 sonland\u0131rmak zorunday\u0131z. Bu bir bilim olarak biyolojinin en ba\u015fta gelen \u00f6nceli\u011fi olmak zorundad\u0131r\u201d vurgusunu yap\u0131yor.<\/p>\n<p>Tan\u0131mlanm\u0131\u015f bilinen temel genlerin \u00e7o\u011fu, organizman\u0131n ya\u015fam\u0131 i\u00e7in olmazsa olmaz proteinleri yapmak ya da h\u00fccre b\u00f6l\u00fcnd\u00fc\u011f\u00fcnde genom duplikasyonunun do\u011frulu\u011funu kontrol etmek i\u00e7in DNA\u2019y\u0131 okumaktad\u0131r. \u0130\u015flevi bilinen tan\u0131mlanm\u0131\u015f temel genlerin di\u011fer ana gruplar\u0131, h\u00fccre zar\u0131nda \u00e7al\u0131\u015f\u0131p glikoz gibi, ya\u015famsal besinleri kabul eden, art\u0131k \u00fcr\u00fcnlerin d\u0131\u015far\u0131 at\u0131lmas\u0131n\u0131 sa\u011flayan ya da organizman\u0131n besinleri enerjiye d\u00f6n\u00fc\u015ft\u00fcrmesini m\u00fcmk\u00fcn k\u0131lan proteinleri yaparlar. Elfick, \u201cBuna kar\u015f\u0131n, temel genlerin tan\u0131m\u0131, bir organizman\u0131n \u00e7evresine ya da ya\u015fam tarz\u0131na ba\u011fl\u0131 olarak \u00f6nemli derecede de\u011fi\u015febilir\u201d a\u00e7\u0131klamas\u0131nda bulunuyor.<\/p>\n<p>Venter\u2019in yeni yarat\u0131\u011f\u0131, enerjice zengin glikozun bol miktarda oldu\u011fu, her t\u00fcrl\u00fc konforun sa\u011fland\u0131\u011f\u0131 bir bakteriyel cennette \u00fcretildi. Toprak ya da su gibi zorlu bir \u00e7evre olsayd\u0131, bu canl\u0131lar ayn\u0131 kaynaklar i\u00e7in rakipleri ile m\u00fccadele etmek zorunda kalacakt\u0131 ve k\u0131t besinsel kaynaklardan ya\u015famsal molek\u00fclleri \u00fcretmek i\u00e7in ekstra genlere ihtiya\u00e7lar\u0131 olacakt\u0131. Elfick, temel genlerin \u00f6nemlilik derecelerinin \u00e7evreye \u00f6zg\u00fc olmas\u0131n\u0131n olas\u0131 oldu\u011funu belirtiyor.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Ya\u015fam\u0131 anlamaya hayal etti\u011fimizden daha yak\u0131n\u0131z. Gen eliminasyonu y\u00f6ntemini kullanarak genlerin yava\u015f yava\u015f azalt\u0131lmas\u0131 ile d\u00fcnyan\u0131n ilk minimal genomuna sahip en k\u00fc\u00e7\u00fck canl\u0131 yap\u0131s\u0131 elde edildi. Craig Venter ve ekibinin bu \u00e7al\u0131\u015fmas\u0131, temel genlerin hemen hemen \u00fc\u00e7te birlik k\u0131sm\u0131n\u0131 bilmedi\u011fimizi ileri s\u00fcr\u00fcyor. Minimal bir h\u00fccreden olu\u015fan bir yarat\u0131k (do\u011fada var olandan daha da basit bir [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":866,"featured_media":15596,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[184,19,21,231],"tags":[272,431,306,1812],"class_list":["post-5350","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-147-sayi","category-bilim-gundemi","category-biyoloji","category-molekuler-biyoloji-ve-genetik","tag-dna","tag-gen","tag-hucre","tag-yapay-hucre"],"acf":[],"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bilimvegelecek.com.tr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/5350","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/bilimvegelecek.com.tr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/bilimvegelecek.com.tr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bilimvegelecek.com.tr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/users\/866"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bilimvegelecek.com.tr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=5350"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/bilimvegelecek.com.tr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/5350\/revisions"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bilimvegelecek.com.tr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/media\/15596"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bilimvegelecek.com.tr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=5350"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/bilimvegelecek.com.tr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=5350"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/bilimvegelecek.com.tr\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=5350"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}