ABD’nin Iowa eyaleti Ames şehrindeki Iowa Üniversitesi Biyokimya, Biyofizik ve Moleküler Biyoloji bölümünden Yrd. Doç. Dr. Gaya Amarasinghe başkanlığındaki araştırma grubu tarafından bağışıklık sisteminin zayıflatılmasında önemli rol oynayan VP35 adlı Ebola virüs proteinin yapısı daha önce çözülmüştü. Son olarak ise, yazımıza da konu olan çalışmada Amarasinghe ve grubu Ebola VP35 proteininin bunu nasıl yaptığını keşfetti. Virüsler genelde hücreleri enfekte ettiğinde, çoğalabilmek için öncelikli olarak RNA sentezine başlarlar. Eğer enfekte edilen hücre sağlıklı bir hücre ise virüsün RNA sentezini algılar, virüsün replikasyonunu engellemek ve enfeksiyonu temizlemek için anti-viral savunma mekanizmalarını devreye sokar. Amaransinghe ve grubunun en son keşfettiği ise Ebola virüs tarafından sentezlenen VP35 proteininin, replike olmakta olan virüs RNA’sını maskelediği, dolayısıyla da enfekte olan hücrenin virüs tarafından istila edildiğinin farkına varmaması oldu.
Amarasinghe konuyu kısaca şöyle özetlemektedir:
“Özellikle Zaire’den izole edilen Ebola virüs ırkının en tehlikeli virüs olarak nam salmasının nedeni enfekte olan hücrelerin herhangi bir bağışıklık cevabı verememesidir. Zaten Ebola ile ilgili olarak en çok merak edilen sorulardan biri enfekte olan hücrelerin neden diğer virüslere karşı geliştirdiği bağışıklık cevabının Ebola virüsüne karşı geliştirilemediğiydi. En basit cevap ise enfekte edildiğini algılamayan bir hücrenin, buna karşı bağışıklık cevabı da geliştiremeyeceğidir. Dolayısıyla bizim çalışmamız Ebola enfeksiyonu ve hücre istilası mekanizmalarının aydınlatılmasına büyük katkı sağlamaktadır.”
Amarasinghe’in araştırmayı takım oluşturarak yapma isteği New York Şehrindeki Mt. Sinai Tıp Fakültesinden virolog Christopher Basler ile bir araya gelmesini, dolayısıyla yapısal bulguların viral proteinlerin hücre içerisindeki fonksiyonları ile nasıl örtüştüğünü ortaya çıkarmasını sağlamış. Amarasinghe daha sonra “VP35 ile ilgili 2008’de yaptığımız, ilk yapısal çözümlemeler araştırmanın ilerlemesinde anahtar rol oynasa da bu denklemin sadece bir parçasını oluşturuyordu. Bu yapısal bulguları, fonksiyonel bulgularımızla bir araya getirdiğimizde ise, denklemin çözümü noktasında taşlar yerine oturmaya başladı.” diyerek çalışması hakkındaki bilgileri paylaşmaya devam etmiştir.
Amarasinghe’in fonksiyonel protein çalışmalarıyla bulaşıcı olmayan VP35 proteinini kullanarak çözdüğü protein-RNA oluşumunu tanımlayan son araştırması Nature Structural and Molecular Biology adlı bilimsel derginin 17 Ocak 2010 tarihli online versiyonunda yayınlanmıştır. Bu yayındaki çalışma ise temellerini Amarasinghe’in geçen Ocak’ta bilim dünyasındaki birçok ilki ve önemli gelişmeyi yayınlayan, en saygıdeğer bilim dergilerinden biri olan ABD’nin Ulusal Bilimler Akademisindeki İlerlemeler (PNAS) adlı dergiden alıyor. Amarasinghe, derlememize konu olan çalışmasında ise Zaire Ebola virüsünün VP35 proteininin, sıra dışı görünen belirli bir noktasına odaklanmış. Araştırma sırasında test ettiği hipotezler ile ilgili olarak veriler eline geldikçe, VP35 proteininin şüpheli yani sıra dışı kısmının, enfekte ettiği hücrede bağışıklık sistemini tetikleyen moleküllere bağlanmayı sağlayan (bağışıklık bilimi terimiyle nötralize eden) bölge olduğunu görmüştür.
Amarasinghe “Ebola’nın en ilginç yanı ise enfekte ettiği hücrelerin kendisini savunmaya başlamasına bile izin vermemesidir. Böylece Ebola’nın viral RNA’sı hücreler onu tanımadan gizlenmiş oluyor. Bu bağışıklık sistemini istila etmek için bilinen en güçlü mekanizmalardan biridir” diyerek kendisi için konunun ne kadar da ilginç olduğunu dile getirmektedir.
KAYNAKLAR
1) ScienceDaily, 20 Ocak 2010, http://www.sciencedaily.com /releases/2010/01/100119154721.htm
2) Leung DW, Prins KC, Borek DM, et al. Structural basis for dsRNA recognition and interferon antagonism by Ebola VP35. Nat Struct Mol Biol. On-line basım 17 Ocak 2010; http://dx.doi.org/10.1038/nsmb.1765 (derleme hazırlandığı esnada sadecce onilne versiyonu mevcuttu)
