Küresel bir salgına dönüşen yeni tip koronavirüs (SARS-CoV-2) kaynaklı COVID-19 hastalığı Türkiye’deki etkinliğini koruyor. Hastalardan alınan örnekler üzerinden izole edilen yeni tip koronavirüsün genetik dizi çalışmalarına Türkiye’de de başlandı. Ekoloji ve Evrimsel Biyoloji Derneği, Türkiye’de yapılan ilk koronavirüs genetik dizi çalışmasını değerlendiren bir ön çalışma raporu yayınladı.
Raporda “Bilim insanları, COVID-19 pandemisine karşı etkin savaşta son derece önemli olan genetik bilgi ve kaynakların üretimi için yoğun bir seferberlik içindedir. Bu amaç doğrultusunda ilk olarak Çin’deki araştırmacılar hızla virüsün genomunu dizilemeyi başarmış ve virüsün dünyada yayılmasıyla beraber, birçok ülke virüs genomunu dizileyerek büyük bir veritabanı oluşmasını sağlamıştır. Virüsler, konak hücreye girdikten sonra ilk olarak kendi genetik bilgilerini çoğaltıp, sayılarını arttırmayı hedefler. Ancak bu süreç içerisinde virüsün genetik materyalinde (genomunda) değişimler meydana gelebilir. Bu değişimler, varyasyon oluşturarak, suş olarak isimlendirilen farklı COVID-19 tiplerinin oluşmasını sağlar. Üretilen genetik verilerin incelenmesiyle, virüsün yayılma örüntüleri ve yayılırken geçirdiği genetik değişimler takip edilebilmektedir” ifadelerine yer veren Ekoloji ve Evrimsel Biyoloji Derneği, dizilenen genom üzerinden elde edilen bilgilerin koronavirüsün Türkiye’ye nereden giriş yaptığından virüsün genetik çeşitliliğine kadar pek çok açıdan bilgi verebileceğini belirtti.
Ekoloji ve Evrimsel Biyoloji Derneği’nin raporunda “Türkiye örneğinin dizileri diğer örnekler ile karşılaştırıldığında, özellikle genomun 1000 – 1480; 2100 – 3400 ve 14400 – 15000 bölgeleri arasında, karşılaştırılan diğer örneklerde gözlenmeyen yüksek sayıda özgün tekil (singleton) mutasyonlara rastlanmıştır. Toplamda Türkiye örneğinin referans genoma kıyasla yüzde 0.44 oranında özgün mutasyona sahip olduğu görülmektedir” ifadelerine yer verildi. Söz konusu özgün tekil mutasyonlarının kaynağının dizileme sırasındaki hatalar veya yetersiz filtreleme olduğu düşünülüyor. Raporda, dizileme işlemi sırasında kullanılan platformun (Oxford Nanopore) hata oranı yüksek bir platform olduğunun altı çizildi.
Dünya genelinde yapılan çalışmalar yeni tip koronavirüs için iki temel soy hattını işaret etmişti. Raporda, “Oluşturduğumuz her iki ağaç da önceden belirlenmiş olan iki temel soy hattını ve L ve S tipi suşları yakalayabilmiştir. Genel olarak Bayesyen yöntemle oluşturulan ağaç, suşlar arasındaki ilişkileri daha belirgin ve daha yüksek güvenilirlikte ortaya koyabilmiştir. Buna karşın, maksimum olasılık ağacında suşlar arasındaki ilişkilerin güvenilirliği daha düşük ve filogenetik ilişkiler daha az belirgindir. Fakat, maksimum olasılık ağacında Türkiye’nin konumu Bayesyen ağaca göre daha gerçekçi olup, maksimum olasılık ağacı Türkiye’den örneklenen SARS-CoV-2 suşunu ortadoğudan örneklenen diğer suşlar ile birlikte konumlandırmıştır. Bayesyen ağaçta ise Türkiye diğer SARS-CoV-2 suşlarından oldukça farklı ve neredeyse atasal veya dış grup olacak şekilde konumlanmıştır (Şekil 1). Bahsedilen dizileme hataları, Türkiye’den yayınlanan dizinin Bayesyen ağaçtaki beklenmeyen konumunu açıklayabilir. Bayesen analizlerin tekil mutasyonlara hassasiyetinin yüksek olduğu bilinmektedir” ifadeleriyle yapılan çalışma değerlendirildi.
Türkiye’deki virüsün kökeni
Ekoloji ve Evrimsel Biyoloji Derneği’nin değerlendirme raporunda, “Türkiye’den örneklenen SARS-CoV-2’nin Şekil 1’de verilen mutasyon örüntüsüne baktığımızda, bu örneğin Kuveyt, İsrail, Gürcistan gibi Batı Asya ve Ortadoğu suşlarını içinde barındıran soy hattı olan Soyhattı 1’e özgün belirteçleri taşıdığı ve dünyada yayılmış çoğu suş gibi L tipi olduğu ortaya çıkmıştır. Türkiye’den dizilenen örneğin aynı zamanda Kuveyt ve Ortadoğu suşlarına özgü mutasyonları taşıması (Şeki 1) bu suşun Türkiye’ye Ortadoğu üzerinden girmiş olma ihtimalini yükseltmektedir” açıklamalarına yer verildi.
Ekoloji ve Evrimsel Biyoloji Derneği, koronavirüsün diğer tipine ilişkin verileri de değerlendirdiği raporunda şu ifadeleri kullandı:
“Türkiye’nin yakın çevresinde bulunan ülkelerde her iki temel soy hattına ait SARS-CoV-2 örneklerinin bulunduğu görülmüştür. Bunun yanında, ‘L’ tipi olarak adlandırılan ve bulaşma hızı daha yüksek olan SARS-CoV-2 şuşunun, Avrupa ve Asya’da daha yaygın olduğu anlaşılmıştır (Şekil 1). Fakat hem Gürcistan’da hem de Yunanistan’dan alınan örnekler arasında ‘S’ tipinin bulunması, ülkemizde de bulaşma hızı ve potansiyel olarak virülansları farklı olan iki ayrı şuşun bulunma ihtimalini kuvvetlendirmektedir. Son olarak Türkiye’ye görece yakın ve Türkiye ile yolcu trafiği yüksek olan Gürcistan, Belarus, Estonya, İsrail, İtalya ve Kuveyt gibi ülkelerde, özgün soy hatlarının varlığına rastlanmıştır (Şekil 1).”
“Bu ön çalışma açık bir şekilde, Türkiye’de SARS-CoV-2 çeşitliliğinin yüksek olabileceğine işaret etmekte ve Türkiye’nin her bölgesini kapsayan örneklerden bir an önce genetik veri üretilerek Türkiye’de var olan suşların belirlenmesinin öneminin altını çizmektedir.”
Ekoloji ve Evrimsel Biyoloji Derneği’nin raporuna bağlantıyı kullanarak ulaşabilirsiniz.
